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技術文章 / article
【連載-企業(yè)參考品】乳腺癌的PCR和NGS參考品的選擇
原載自:[技術資料頻道] 2020-04-24 瀏覽次數(shù):1798
科佰生物作為一家提供企業(yè)核酸診斷標準品的企業(yè),在該領域已經(jīng)深耕多年,與全國該領域90%的企業(yè)都有過合作,成功支持過很多企業(yè)的試劑盒研發(fā)和獲批,在該領域有豐富的經(jīng)驗。根據(jù)我們對市場的調(diào)研,對客戶需求的理解,我們把我們的產(chǎn)品線劃分為多個模塊,主要為支持PCR的單點mutation、fusion和CNV產(chǎn)品,支持NGS的小panel和大panel(泛腫瘤、包含TMB和MSI)產(chǎn)品,支持IHC和Fish的FFPE block產(chǎn)品,支持標準品定標的dPCR檢測試劑盒產(chǎn)品等。
接下來的幾期,我們陸續(xù)會針對不用的腫瘤,遵循NCCN指南的標注,為大家分享我們對企業(yè)參考品選擇的看法。
乳腺癌是影響女性健康的主要的惡性腫瘤之一。根據(jù) Globalcan2012數(shù)據(jù),2012年女性乳腺癌新發(fā)病例約167.1萬,標化發(fā)病率為43.1/10萬,位居女性惡性腫瘤發(fā)病*。
女性乳腺癌發(fā)病和死亡分別位居我國女性惡性腫瘤發(fā)病和死亡的第1位和第5位,全國2014年女性乳腺新發(fā)病例約27.89萬例,占女性惡性腫瘤發(fā)病的16.51%,全國2014年女性乳腺癌死亡病例約6.60萬例,占女性惡性腫瘤死亡的7.82%。
根據(jù)NCCN指南描述,乳腺癌主要區(qū)分非浸潤性乳腺癌和浸潤性乳腺癌,涉及的分子標記物主要為estrogen receptor (ER),progesterone receptor (PR),Her-2,BRCA1/2,多基因檢測。對應的臨床意義和指導,請點擊下載NCCN指南。
如下我們開始對每個分子標志物做一些分析。
ER、PR、HER-2分子標記物
臨床的診療,一般是先看激素受體的狀態(tài),也就是ER和PR的檢測,再看HER2的檢測,結合淋巴結轉(zhuǎn)移判斷,制訂治療方案。
ER、PR、HER2的檢測,一般是采用IHC和Fish檢測,其中ER和PR一般定性判斷,選擇IHC,HER的檢測可以定性和定量,具體檢測原則為:
針對HER2的IHC檢測,臨床檢測有明確的評分標準,科佰生物推出的IHC Reference Standard,主要為陰性對照和陽性對照,用于監(jiān)控IHC整個實驗的過程。
HER2的Fish檢測也是基于切片,是對細胞中拷貝數(shù)的一個檢測,科佰生物選擇ddPCR的方法,按照NIST的標準,選擇內(nèi)參基因DCK,EIF5B和RPS27A,對不同的標準品,進行定標,對應的標準品為:
BRCA1/2相關的標準品HER-2分子標記物
BRCA1/2編碼的BRCA是HR(homologous recombination,HR)途徑的關鍵蛋白之一,臨床檢測到BRCA1/2的Germline mutation,可以選擇用PARP抑制劑治療,尤其是HER2陰性的患者。BRCA蛋白的功能缺失會導致HR途徑無法正常運行,腫瘤細胞會啟用非同源末端修復系統(tǒng),導致基因修復錯誤,不斷積累后導致細胞死亡。
科佰生物推出4款BRCA1/2相關的標準品:
以CBP9003為例,對應的位點為:
HRR和HRD分子標志物
另外近的臨床研究表明,PARP抑制劑同樣也適用另外2類標記物的診斷,一類是HRD的檢測患者,一類是HR通路的其他基因突變,都已經(jīng)在臨床實驗中被使用,相信未來會逐步會寫入NCNN指南。
科佰生物也陸續(xù)會上新HR-Related Gene(CBP90021)和HRD(CBP90022)類的標準品。
多基因檢測
后一類是用于考慮向輔助內(nèi)分泌治療中添加輔助全身化療的多基因檢測,通過復發(fā)風險計分,幫助做出治療指證,其中的優(yōu)先級是Oncotype Dx的21基因檢測,國內(nèi)也有很多公司開展了這樣的檢測。
乳腺癌21基因檢測(Oncotype DX)是采用RT-PCR方法,檢測21個與乳腺癌細胞增殖、侵襲、Her-2、激素等相關的基因的表達量,通過算法進行復發(fā)評分(RS),根據(jù)評分值指導ER/PR+、HER2-和淋巴結陰性早期乳腺癌患者術后的預后判斷和治療決策。
對應的計算方式為:RS=+ 0.47 x Her-2 Group Score - 0.34 x ER Group Score + 1.04 x Proliferation Group Score + 0.10 x Invasion Group Score + 0.05 x CD68 – 0.08 x GSTM1 -0.07 x BAG1
科佰生物應用Oncotype DX的方法,制備出幾個低風險(RS<26)、中風險(RS26-30)、高風險(RS>30)的標準品,即將上線,歡迎大家來詢。
綜上,按照NCCN的指南,按照臨床的藥物,按照伴隨診斷的需求,科佰生物開發(fā)了針對乳腺癌的多種診斷參考品,滿足不同客戶的需求。
標準品選擇好了,接下來就是做性能評價,讓我們先學習下指導原則,對于性能評價的規(guī)定。