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技術文章 / article
淺談NTRK fusion
原載自:[技術資料頻道] 2019-05-20 瀏覽次數:3910
2018年腫瘤治療的偉大突破必然有一篇是關于NTRK Fusion的,隨著LOXO-101和LOXO-292的數據披露,優(yōu)異的臨床數據讓科學家、投資者都非常看好,2018年11月FDA加速批準larotrectinib上市,僅有30多人的Loxo Oncology被禮來lilly以80億美元收購,同時NCCN指南更新,NTRK寫入2019非小細胞肺癌指南,NTRK的巨大成功也帶來了Basket Trial和Umbrella Trial的重新思考,NTRK fusion的人群占比不是很高(Figure 1),但是選擇合適的病人入組,帶來了優(yōu)異的緩釋率,Basket Trial方案被越來越多的臨床實驗考慮,選擇病人入組顯得尤為重要,那我們如何選擇病人?
首先介紹下NTRK的致病機理:
1. 三個NTRK基因(NTRK1,NTRK2和NTRK3)分別編碼TRK蛋白,依次為TRKA,TRKB和TRKC;
2. 作為跨膜蛋白,這些激酶通過配體依賴性起作用,將細胞外信號傳遞到細胞核,刺激細胞生長,增殖和存活,如MAPK / ERK和PI3K / AKT途徑(Figure 2);
3. NTRK基因融合導致嵌合體蛋白表達,他保留TRK激酶結構域,但不保留配體結合域。NTRK基因傾向于與管家基因融合,一旦融合,具有組成型活性。因此導致各種組織類型的實體瘤發(fā)生(Figure 3)。
如何檢測NTRK translocation or Fusion?(Figure 4)
Immunohistochemistry(IHC):PDA批準了abcam的Anti-Pan TRK antibody,能同時測NTRK1、NTRK2、NTRK3,不能區(qū)分是wide-type還是Fusion,同時不是所有的基因融合都導致蛋白高表達。
DNA fluorescence in situ hybridization(FISH):FISH是根據融合設計探針,每個融合類型都需要單獨設計,未知融合信息的就沒法設計和檢測。
相比較而言NGS是合適的選擇,其中RNA-Seq為適合,因為DNA層面的斷點一般在內含子,內含子較大,且往往GC比例高,擴增檢測和生信分析,都會遇到問題,而且不能確定是否轉錄,而RNA-seq,斷點明確,容易檢測到,靈敏度高,可以檢測到所有融合信息,也明確發(fā)生了轉錄。
因此RNA-seq是臨床選擇病人合適的方法,市場急需對應的檢測試劑盒上市,國外已經有一些試劑盒被批上市,國內暫時還沒有NTRK的檢測試劑盒被批。
好的試劑盒離不開好的標準品,科佰生物推出NTRK RNA標準品,助力臨檢試劑盒的開發(fā)。
現在已經開發(fā)的位點如下,全部經過QC驗證